najas: (Pandora)
[personal profile] najas
Давно собиралась написать, да как-то не до того было.
Напишу, пожалуй, сейчас.
Про блестящую работу Сванте Пэбо (Svante Pääbo, Max Planck Institute for Evolutionary Antropology, Leipzig). Его лаборатория занимается происхождением человека (в том числе секвенированием генома неандертальца) и другими интересными штуками. Работа, о которой я хочу рассказать - про происхождение речи.

Я постараюсь написать так, чтобы небиологам тоже было понятно, но если не справлюсь, а тема заинтересовала - спрашивайте.

Итак, способность к членораздельной речи уникальна для человека и отличает его от ближайших родственников - человекообразных обезьян. Вероятно, это то, что сделало человека человеком.

В 2001 году группой А. Монако (A. Monaco, Wellcome Trust Center for Human Genetics, University of Oxford) была описана семья, в которой появлялась наследственная неспособность к адекватной артикуляции (при отсутствии неврологических дефектов). Группа Монако идентифицировала ген FOXP2, мутация в котором, видимо, приводила к данному пороку развития. Белок foxp2 - это фактор транскрипции, то есть он регулирует производство многих других белков (не уверена, что это уже строго показали, но скорее всего так и есть).

Это, так сказать, предыстория. А вот что сделали в лаборатории Пэбо:

Во-первых они сравнили аминокислотную последовательность человеческого foxp2 c обезьяньми и мышиными аналогичными белками (для биологов - ортологами) и поняли, что хотя эти белки очень сходны у разных организмов, именно в человеческой версии есть две мутации, которые могли сильно изменить работу белка.

Поэтому они создали линию трансгенных мышей, у которых родной ген FOXP2 был заменен человеческим - с мутациями.

Нет, мышки не заговорили.

Но у них изменилась артикуляция - заметно изменились частоты, на которых пищат мышата, извлеченные из гнезда.
Изменилось поведение - помещенные в новую клетку мыши продолжали вести себя осторожно даже через пару часов, когда мыши с неизмененным геном уже не боялись выходить на середину клетки.
Длина дендритов (нейронных отростков) выросла. Уровень допамина в мозгу упал. Пластичность нервных связей увеличилась.

В общем, я чего думаю. Хорошо, что трансгенных крыс делать гораздо сложнее, чем мышей. А то прятались бы мы сейчас по подвалам, тихонько попискивая.

(По материалам двух статей и лекции Пэбо)

ЗЫ Да, а на вопрос, была ли у неандертальцев речь, молекулярная биология может дать вполне определенный ответ: да :)
ЗЗЫ Возможно ответ неправильный.

Date: 2009-07-30 10:54 am (UTC)
From: [identity profile] ex-cherstn587.livejournal.com
Жалко, что мышки не заговорили. Я уже думал - продолжение: мышки заговорили и подали на биологов в суд за жестокое обращение с животными.

А почему это по подвалам сидели? Я не чувствую в себе потенциала быть трансгенной крысой. Или крысы бы заговорили, захватили мир и убрали из человеческого генома эту мутацию?

Date: 2009-07-30 11:00 am (UTC)
From: [identity profile] sowar.livejournal.com
"Изменилось поведение - помещенные в новую клетку мыши продолжали вести себя осторожно даже через пару часов, когда мыши с неизмененным геном уже не боялись выходить на середину клетки."

хм... есть о чем подумать

Длина дендритов (нейронных отрезков) выросла. Уровень допамина в мозгу упал. Пластичность нервных связей увеличилась.

Можно чуть подробнее о последствиях этих изменений?

Date: 2009-07-30 11:48 am (UTC)
From: [identity profile] najas.livejournal.com
Фиг тебе, не надейся.

Крыса из тебя тоже вряд ли получится. Надо очень много упражняться. Ты никогда не держал крыс? Они ж намного круче людей :)

Date: 2009-07-30 12:33 pm (UTC)
From: [identity profile] najas.livejournal.com
хм... есть о чем подумать
да, с подумать вообще хорошо... всегда есть о чем :)


Длина дендритов (нейронных отрезков) выросла. Уровень допамина в мозгу упал. Пластичность нервных связей увеличилась.

Можно чуть подробнее о последствиях этих изменений?


Пардон, там должно быть "нейронных отростков", не отрезков.
К сожалению, подробнее сказать о последствиях я почти не могу, потому что это сугубо не моя тема. Они, впрочем, тоже не очень много об этом говорят, все-таки это только начало работы.
Насколько я помню из лекции, такие изменения увеличивают возможность образования нервных связей (то, на чем стоит научение - да и вообще сложное поведение). Про допамин - все сложно. Это вещество, которое участвует в массе разных процессов в мозгу. С одной стороны, есть данные о том, что сниженный уровень допамина в полосатом теле (один из участков мозга) увеличивает скорость обработки акустической информации. (Плюс еще много всякой информации про роль этих структур и веществ в усвоении лексики, научении пению у птиц и т.д.) С другой - пониженное содержание допамина у людей связано с нарушениями сознания при шизофрении и с паркинсонизмом (болезнью Паркинсона).

Date: 2009-07-30 01:29 pm (UTC)
From: [identity profile] ex-cherstn587.livejournal.com
да, с подумать вообще хорошо... всегда есть о чем :)
С подумать, если подумать, все не так хорошо, т.к. всегда стоит вопрос - зачем!

Отростки отростают, вылезают из мозга и захватывают мир! Вот они и боятся рассказать. Или медлят, пока их отростки не отрастут достаточно. Я угадал?

Date: 2009-07-30 01:55 pm (UTC)
From: [identity profile] najas.livejournal.com
Ты, Шурик, сам говорил, что пространство логических возможностей исчерпаемо - а вон сколько сущностей наплодил (привет Наташке и детям, кстати)!

Date: 2009-07-30 04:07 pm (UTC)
From: [identity profile] http://users.livejournal.com/ok_/
Красивая работа. Хотя последнее утверждение, на мой взгляд, несколько излишне оптимистично :)

Date: 2009-07-30 04:26 pm (UTC)
From: [identity profile] najas.livejournal.com
Ты про речь неандертальцев?

Ну, мутация в FOXP2 у них уже была :)

Date: 2009-07-30 04:41 pm (UTC)
From: [identity profile] http://users.livejournal.com/ok_/
Ну, во-первых, с геномом неандертальца - странная и темная история, как с геномом любого вымершего вида) (Пэбо там одно из главных действующих лиц, и я уже не помню, то ли у него была аццкая контаминация, то ли у его конкурентов) А во-вторых, насколько foxp2 важен для речи, и кто там еще играет - совершенно неясно))

Date: 2009-07-30 04:48 pm (UTC)
From: [identity profile] najas.livejournal.com
Ты права, конечно.
Насчет контаминации - не в курсе. Но, в конце концов, по их данным как раз (митохондриальную днку сравнивали, насколько я помню) сапиенсы с неандертальцами почти не смешивались. Соответственно, была бы контаминация - получилось бы наоборот.

Кто кроме foxp2 играет - ужасно интересно. Ну, расковыряют, наверняка. Я бы начала с микроэрреев...

Date: 2009-07-30 04:57 pm (UTC)
From: [identity profile] http://users.livejournal.com/ok_/
Я найду эту историю про неандертальца. Но, в конце концов, по их данным как раз (митохондриальную днку сравнивали, насколько я помню) сапиенсы с неандертальцами почти не смешивались. Вот в этом и основная трудность - как знать, какая ДНК - точно от неандертальца. Они слишком на нас похожи, все-таки

Date: 2009-07-30 05:13 pm (UTC)
From: [identity profile] najas.livejournal.com
Найди! Интересно, как они проверяли - ведь как-то же наверняка должны были.

""Но, в конце концов, по их данным как раз (митохондриальную днку сравнивали, насколько я помню) сапиенсы с неандертальцами почти не смешивались." Вот в этом и основная трудность - как знать, какая ДНК - точно от неандертальца. "

Ну, я так понимаю, если бы различий не было - тогда невозможно было бы доказать, что это не контаминация. Но если уж они есть - то они есть.

Date: 2009-07-30 05:42 pm (UTC)
From: [identity profile] ex-cherstn587.livejournal.com
сапиенсы с неандертальцами почти не смешивались
Кто же трахает еду? Вроде ка мы их съели. По последним данным науки.

Date: 2009-07-30 07:51 pm (UTC)
From: [identity profile] najas.livejournal.com
Съели или не съели - на это молекулярная биология ответить не может.

Date: 2009-07-30 08:00 pm (UTC)
From: [identity profile] najas.livejournal.com
Я прочитала статью в Плосе, где сравнивали две работы. Действительно, по их подсчетам у Пэбо была аццкая контаминация (в подсчеты я не вникала). (Вывод статьи в плосе: "Секвенирование неандертальца - это потрясающий технический прорыв. Но не забывайте мыть руки перед едой")

Я, кстати, его слушала в 2008 году, то есть они эти ошибки должны были учесть...

Date: 2009-07-30 08:05 pm (UTC)
From: [identity profile] najas.livejournal.com
Я не помню, я тебе рассказывала про три практически несводимые друг к другу genome-wide скрининга на репликацию HIV?

И в тему, ссылка via cherstn: http://www.ysbl.york.ac.uk/~alexei/tutorial.html

там про throughput очень выразительно, хотя на мой взгляд и несколько утрированно...

Date: 2009-07-31 07:16 am (UTC)
From: [identity profile] http://users.livejournal.com/ok_/
Я имела в виду это

Вывод статьи в плосе: "Секвенирование неандертальца - это потрясающий технический прорыв. Но не забывайте мыть руки перед едой" - А вот этот вывод, по-моему, абсолютно правильный. Из него следует, в частности: если мы нашли у неандертальца ген, не похожий на человеческий, то он (по модулю ошибок секвенирования), скорее всего, правильный; а если мы нашли у него идентичный человеческому ген, то надо еще 30 раз подумать, и все равно фиг докажешь)) Синонимичные замены нам в помощь))

Date: 2009-07-31 07:20 am (UTC)
From: [identity profile] http://users.livejournal.com/ok_/
Выразительно)) И вполне отражает суть))

Date: 2009-07-31 08:28 am (UTC)
From: [identity profile] najas.livejournal.com
Дык я тоже с выводом статьи совершенно согласна :)

Кстати, в неандертальском геноме мутации должны быть специфичные для "полежавшего ДНК" - в первую очередь с деаминированием цитозина до урацила и вообще bias C→T и G→A. Наверняка это можно как-то посчитать.

И еще один вывод - пока можно ожидать переоценки различий, поскольку идентичные гены будут ставиться под сомнение...

Date: 2009-07-31 08:28 am (UTC)
From: [identity profile] najas.livejournal.com
Ты еще на Structural Genomics погляди :)))

Date: 2009-07-31 08:47 am (UTC)
From: [identity profile] http://users.livejournal.com/ok_/
"Посчитать" что-нибудь - это еще более темный лес)) There are lies, big lies and statistics)) Но все это страшно интересно)))

Date: 2009-07-31 08:48 am (UTC)
From: [identity profile] http://users.livejournal.com/ok_/
Ага, ага))
Page generated Jan. 16th, 2026 07:23 pm
Powered by Dreamwidth Studios